La Universidad Nacional del Chaco Austral se organiza en Departamentos Académicos que mantienen coherencia en su organización y en sus decisiones por medio de la conducción y coordinación que ejercen la Asamblea Universitaria, el Consejo Superior y el Rectorado.

Los Departamentos Académicos tienen por objeto proporcionar una orientación sistemática a las actividades de docencia e investigación mediante el agrupamiento de disciplinas afines y la comunicación entre los docentes y los estudiantes de distintas carreras, brindando de esta manera mayor cohesión a la estructura universitaria tendiente a lograr economía de esfuerzos y de medios materiales. Asimismo, proveen el cuerpo docente a las distintas carreras y son responsables del contralor del proceso de enseñanza-aprendizaje preestablecido.

Los Departamentos integran las diferentes áreas, entendidas como unidades organizativas multi y/o interdisciplinarias definidas en función de campos epistemológicos orientados hacia los problemas sociales. La autoridad máxima de cada Departamento es el Consejo Departamental integrado por el Director del Departamento (elegido por el respectivo Consejo Departamental), los Directores de las carreras de su dependencia, representantes de los claustros docentes y estudiantes.

Las distintas carreras son consideradas unidades de gestión y administración curricular que dependen del Departamento que reúna la mayor cantidad de materias del plan de estudios respectivo y que constituyan el núcleo básico de su plan.

Así, las carreras de la Universidad Nacional del Chaco Austral, se agrupan en dos Departamentos:

• Departamento de Ciencias Básicas y Aplicadas:

Ingeniería en Alimentos, Ingeniería Química, Ingeniería Industrial, Ingeniería Zootecnista, Ingeniería en Sistemas de Información, Licenciatura en Biotecnología, Medicina, Farmacia, Licenciatura en Nutrición, Óptico Técnico, Licenciatura en Matemática con Requisitos especiales de Ingreso, Licenciatura en Química con Requisitos especiales de Ingreso.

• Departamento de Ciencias Sociales y Humanísticas: 

Licenciatura en Administración,  Contador Público,  Profesorado en Matemática, Profesorado en Física, Profesorado en Ciencias Químicas y del Ambiente.